後伏見天皇の正安？年（一二九九年頃と伝承）常陸国那珂郡三反田村に真言宗寺院として創立。已後約四百年間に亙り三反田村にて教義を相伝。

元禄十年（一六九七年）、水戸藩の寺社の統廃合が行われる最中、親鸞聖人のみ教えに出遇い真宗の教えに帰依し真宗大谷派に改宗。

宝永二年（一七〇五年）水戸光圀公の命により、鹿島郡磯濱村磐船に移転。

万延元年（一八六〇年）正月十六日府中松平播磨守より八角葵紋入りの五條袈裟並びに同紋の輪袈裟を拝領し、八角葵紋が正安寺の寺紋となる。

明治十七年（一八八四年）中根村に縁がむすばれ本堂と庫裡を兼ねた茅葺き三十坪の一宇の坊舎を建立。

昭和四十五年（一九七〇年）正安寺の礎を築くも昭和五十年（一九七五年）には本堂老朽化の相を体し、開山七〇〇年を機縁とし

平成十四年（二〇〇二年）に門信徒のお力添えを賜り本堂を再建。